第57回壁外調査を前に、小規模な壁外調査活動を行っていたある日。
主人公（プレイヤー）を含む十数名の調査兵団員は、団長の指示で「古城」近辺の捜索を行うことになった。
捜索の目的などは知らされないまま、この地域の出身である主人公が部隊を先導し、深い霧の中を進んでいく。
しかし、最後の森を抜け古城が目前に迫った時、一行を待ち構えていたかのように数体の巨人が姿をあらわした。
巨人の急襲による混乱の中、地面が崩落し、調査兵団のメンバーは古城の地下へと落下してしまう。
地下の最下層で目覚めた主人公だが、立体機動装置が故障し、そのまま地上を目指すことはできない。主人公は唯一合流できた「相棒」と力を合わせて謎の地下施設を探索し、死地からの脱出を目指すことになる。