24年前に父・由島博昭が遺した
「ANGEL WHISPER」というゲームの謎を解いてほしいーー。
娘・由島美瀬による依頼によってこの物語が始まる。
遺作に描かれていた物語は、1998年ーー
世界の終末を示唆したとされるノストラダムスの預言を
題材にしたゲームの制作者が次々と不可解な事件に巻き込まれていく過程だった。
ゲームの主人公・由島は、ゲーム会社で本作の謎を解明するべく、
完成を目指して開発を行う。 情報を集めて事件の謎を追ううち、
やがてヨハネと名乗る得体のしれない存在にたどりつく。
由島は何を追い求め、何の事件に巻き込まれたのか？
プレイヤーは、彼が残した作品をプレイして、
由島の視点や考え、謎を読み解いていく。