日本の遥か南西に位置する常夏の孤島・月読島（つくよみじま）。 主人公である芳乃零二（よしの れいじ） は、その島に住む いたって普通の学生――“だった”。 突如として非現実的な窮地に陥った零二を救ったのは、美しい一人の少女。 彼女こそは 『No.13（ミッシングナンバー・サーティーン）』、古代より伝わる伝説の “戦略破壊魔術兵器”―― 通称 『マホウ』 と呼ばれる、超科学兵器そのものだった。 『戦略破壊魔術兵器（マホウ）』 の形状は、その人物を象徴するに相応しい形となり、所有者には唯一無二の特殊な “能力（チカラ）” を与えるという。 しかし、彼の使える “能力（チカラ）” は二つ。 「24時間前までに出会っていた人物の召喚」 と、 「物質を24時間前までの状態に戻す」 という、こと兵器や戦争とはかけ離れた能力だった。 そして平和な日常を求める零二の思いとは裏腹に、彼は大切なものを賭けた13人の 『召喚せし者（マホウツカイ）』 たちのバトルロイヤルへと巻き込まれていく。 月読島で繰り返される 『召喚せし者（マホウツカイ）』 たちの哀しき戦いの宿命（れんさ）。 彼が賭けるのは、守るべき大切な日常である、こそばゆい青春の学園生活。 まるで永久に続くダ・カーポのような争いの運命を断ち切るために、零二は今日も戦いの渦中へと飛び込んでいく――…