今からおよそ百年前、大正十年（1921年）。 輝かしくも激動の、目も眩むような時代の真っ只中。 主人公こと「山科凜（やましなりん）」は、女形として活躍する歌舞伎俳優。 そんな彼は、とある舞台で大きな挫折を味わってしまう。 しかし、偶然出会った金髪の少女の言葉に希望を見出すと、己を磨いていつか舞台に返り咲くため、 自身のご贔屓が学長を務める女学校に「藤波凜（ふじなみりん）」と名を改め編入する。 女学校で待ち受けていたのは、初めて触れる華やかな世界。 由緒正しき名家のご令嬢たちと、西洋からの留学生たちだった。 凜は学長のはからいにより、女学生たちの代表である五人の乙女、『英華会』の一員として迎えられる。 さらに、同じ英華会のご令嬢たちと一つ屋根の下で暮らすことに。 そこには自分を救ってくれた金髪の少女、クリス の姿もあった。 やがて何も知らない凜に、英華会の為すべきことが明かされる。 女学校は今まさに、日本と西洋の争いの渦中にあった。 それを治めるために、ただ一人の頂点たる乙女、『撫子の君』を決める選挙がもうすぐ行われる。 その投票の対象は、凜たち英華会の五人なのだった。 西洋側の筆頭候補がクリスであるのに対して、凜は学長により、日本側の筆頭候補として擁立された立場。 学長の思惑に巻き込まれた形ではあったものの、己を高めるまたとない機会だとして、凜は喜んで承諾する。 かくして、女学校とそこに通う全ての乙女の未来をかけて、 乙女たちの眩く駆け抜けるような日々が始まるのだった。

主人公・篠宮響は、公園で見つけたぬいぐるみを補修したことで、 不思議な出来事に巻き込まれてしまう。 それは、昔話にありそうな恩返しの物語。 それにより響が得たものは、光り輝く、謎の痣——魔紋だった。 魔紋の光は、やがて響を包み込み、彼を魔法少女へと変身させてしまう。 「……どうなってんの、これ……」 訳も分からず困り果てる響。 そんな彼のもとに、一人の少女が現れる。 「キミを保護しなくてはいけない」 魔法使いを自称する少女の案内によって、 『御伽館』と呼ばれる洋館へとやってきた響。 そこは、名門アイテール女学院の女子寮であり、 魔法使いになってしまった少女が集う洋館だった。 女装と魔法に彩られた、非日常——、 これは、変わることに囚われた乙女たちの物語。

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