乙女学園に編入してきた主人公は、巫女さんが大好きな普通の青年である。だた、多少の異質な能力を持っている事を除けば……。その能力とは『物質変換』！女の子をみんな巫女さんに変えてしまうために神から授かった能力なのだ。

そんな主人公が新しい街を散歩していると古びた神社が目に入った。迷うことなく中に入って辺りを見まわすと、一人の少女が境内を掃除していた。それは、紛れもなく巫女さんであった。それも主人公が思い描いていた理想的な巫女さんだった。歓喜に溢れた主人公は、彼女のような巫女さんで街を埋め尽くそうと考えるのだった……。