某一天，星修学园的学生门仓甲，在虚构的战场中醒来了。 想起了自己是一个使用着优秀的战斗用电子体（シュミクラム）的佣兵的甲，也想起了自己跟自己的部下，也是唯一的伙伴：桐島レイン一起，追捕着某个人物。 这个人是甲曾经的恩师，久利原直樹。 他曾经所属的研究机关曾经引起了一件噩梦一般的事件「灰色的圣诞节」 追寻着那把自己的和平的学院生活和朋友都全部夺去的事件的真相的甲面前，出现了一个谜。 面对着AI派宗教组织ドミニオン，和学院时代开始的因缘的对手ジルベルト的暗中活跃。 GOAT的黄牌，命令者（コマンダー）的本体到底是？巨大方舟计划到底是？ 这些就像是要帮助甲一样而出现的迷之现象，到底有什么特别和异常的地方呢？ 然后，逐渐取回记忆的甲，跟那些一直想念着的学院时代的同伴再会了。 青梅竹马的菜ノ葉、从堂姐的亜季、亲友的千夏、雅……也许跟过去一样，也许发生过各种各样的变化的朋友们。 还没知道去向的真。 还有，本应在灰色的圣诞节中永远地消失了的空，和那跟她长得一模一样的NPCクゥ。 在甲面前，数次出现的名为エージェント的NPC，究竟是空，还是…… 当这些谜团都合而为一之时，真实之门就会打开。

彼が目覚めた時、そこは仮想の戦場だった。 「おいこら！ そこの野郎！ まだ死んでねぇなら返事しろ！」 呼びかける乱暴な女性の声に顔を上げると、そこには人型の巨大な戦闘兵器 “シュミクラム” の姿があった。 顔は見えないが、口調に反してさぞや美人だろうと思われる声をしている彼女 （シュミクラム）。 その背後に現れた敵 （ウイルス） を目にした彼は、とっさに自身もシュミクラムに移行 （シフト） していた。 咲良と名乗った少女 （シュミクラム） と共にウイルスの攻撃を退けた彼は、ひとまず行動を共にすることに。 そして、なぜか州政府軍に追われていた一人の少女を目撃し、咲良を巻き込みこれを助ける。 「あ、ありがとう！ じゃあねっ！」 礼を言い走り去る少女を見送り、仮想から離脱しようとしたその時、ふと彼は咲良に告げる。 「俺、自分の名前も何も覚えてない」 「何ぃぃぃぃぃぃぃぃ!?」 次に目覚めた時、彼は見たことのない部屋の中でベッドに横たわっていた。 そこはどうやら現実世界。 そこに現れた口調とギャップの激しいヤマトナデシコな外見の少女が、先程のシュミクラムの声の主・咲良だった。 彼女は自分が 『フェンリル』 という傭兵部隊の分隊 『スコール』 に所属しており、ここはその基地の一室であると言う。 東南アジア州 （SAS） と呼ばれる、現実と仮想の双方で隔離された州 （くに）。 目的を変えながらいつまでも続く、終わりのない戦争。 自身を取り巻く状況を知った彼は、残された唯一の事実―― シュミクラムによる戦闘技術で生きてゆくため、悪名高き 『フェンリル』 への入隊を志願する。