父の仕事が一段落した春、母の墓標がある南青瀬に帰って来た主人公・西村あかり。父と双子の弟・ふみと三人での生活が始まった。そして12月。あかり達が通う天鳳高校では旧校舎取り壊し供養のために「天鳳会（てんほうえ）」が行われる。風紀委員として準備に追われるあかり。そんな中、交通事故に遭った父が数日間入院することになった。入院の準備をしていたあかりは、押入れから翡翠のペンダントを見つける。

主人公・桜瀬早月は桜苑学園の2年生。 幼い頃に事故で両親を亡くし、それ以来、 全寮制を取っているこの桜苑学園で生活している。 新学期が始まったある日、早月は自分の携帯電話に、 見知らぬ人物からのメールが届いている事に気付く。 差出人のアドレスを見る限り学園の生徒からのメールだが、 そんな名前の生徒は学園には存在しない。 だが差出人は、相手が早月と知った上でメールを送ってきていた。 生徒会の人間しか管理する事ができない学園のサーバを 確認すると、差出人のアドレスは確かに存在していた。 それからというもの、早月の携帯電話には、 時折「早月へ」で始まるメールが届くようになる。 送り主は、生徒会の中の誰かなのだろうか？ 書記を担当している早月以外の生徒会メンバーは4人。 生徒会長で3年生の 漆原 薫。 副会長で2年生の 澤村 高耶。 会計で1年生の 二ノ宮 遥夏。 そして、生徒会顧問で化学教師の 芦原 梗介。 それとも……？