黎明大学で地球物理学を専攻する学生“久遠漣（主人公）”は、夏になり、毎年恒例の樺楠島にある箕臼火山の調査合宿に参加することになった。樺楠島は、漣の故郷であり、14年前の箕臼火山の噴火のときに父を失い、初恋の女の子とも離れ離れになってしまっていた。この箕臼火山の調査は、漣にとって、亡き父の墓参りをする機会でもあった。
そんな調査合宿が間近に迫ったある日、漣が所属する研究室に、14年前の日付がされた箕臼火山の温度変化等が記されたファックスが届いた。最初は、たちの悪い悪戯かと思っていたが、その日を境に樺楠島の観測機から送られてくるデータにも異変が現れるようになっていた。
そうした不穏な動きを見せる箕臼火山の調査に赴いた漣ほか黎明大学地物専の面々だったが、データに現れるような異常を肌で感じることはなかった。
しかし、そんな彼らの足元が、わずかに震えていることを、まだ誰も気づかずにいた……。