海と山に囲まれた田舎町に住む学生――晃（あきら）は今世紀最初で最後の大流星雨の観測に行った際、何者かに腹を貫かれて死ぬ――消え行く意識の中で彼が見たもの、それはおよそ地球上に存在するとは思えない、黒い異形の生命体――"ザイフォス"だった。動けなくなった彼の身体にとどめを刺そうとする時、晃を庇うように一人の美少女が現れザイフォスと互角の死闘を繰り広げる。

彼女は外形こそ人間だが、真実は奴の天敵、白の生命体から生まれた"メタモス"。そしてこれをきっかけに晃は異種間戦争に巻き込まれることになる。その時こそ人類が初めて地球外生命体と知的接触をした瞬間であり、晃の人生の中で絶対に忘れられない夏になる事が決定した瞬間だった…。