国道から外れて一車線の山道を進んでようやく辿り着くことができる四方を山に囲まれた小さな山村、芦日村（あしびむら) 。時代の流れと共に過疎化が進み、村唯一の教育機関・芦日学園もまた生徒数が女子４人と存続が危ぶまれる状況に追い込まれていた。
６年ぶりに芦日村に戻ってきた主人公・九重 輩人（ここのえ はいと）もまた芦日学園に転入、新たな生活が始まろうとしていた。しかし義理の母・神那とは別居することになり、村には土地開発業者・堂島忍が現れた。
村人の信仰する山神と海神、そして村の政治を取り仕切る湊本家。小さな村に騒動が起ころうとしていた―。