アニメ版の世界観のアドベンチャーゲーム『フタコイ オルタナティブ 恋と少女とマシンガン』が、マーベラスインタラクティブから2005年6月23日に発売された（CEROレーティング12才以上対象）。なお、『双恋 -フタコイ-』および『双恋島〜恋と水着のサバイバル〜』の廉価版発売と同時期の2006年3月にこちらも廉価版が発売されている。
ゲームの進行は、基本的には一般の恋愛アドベンチャーゲームのように最初に共通パートがあり、その後6組の姉妹のいずれかに分岐する形である。しかし本作ではプレイにおいてあらゆる選択肢が"燃え"もしくは"萌え"のどちらかに分類されており、シナリオ中にはそれにより話の展開が変わるポイントが存在する。この展開が変化するポイントではボタンの連打で強制的に進行を変えられるのが特徴。また、シーンによってはそれ以外にも瞬時の判断が求められるシーンがあり、そう言ったシーンでは制限時間内にキー入力を行うことになる。