高中私立翠明学园二年级学生的西条拓巳，自称对三次元没有兴趣，和家里的大量美少女人偶一起生活。在他所住的涩谷在2008年9月7日以来发生了连续猎奇杀人事件“新世代的疯狂（ニュージェネレーションの狂気）”，成为了网络和电视上的热门话题。 2008年9月28日深夜，拓巳在聊天室遇到了一个自称“将军”的人。“将军”发言中的URL链接到像是预言下一个猎奇事件的恐怖图像。 第二天，拓巳遇到了和图像中的手法一样的杀人现场。在尸体前站着浑身是血的少女，咲畑梨深。

神を冒涜する第十二理論 ——それは我々が偶然に得た産物 岡部倫太郎——通称「岡倫」——は、中二病から卒業できていない大学生である。 自称「狂気のマッドサイエンティスト・鳳凰院凶真」として、仲間二人と共に「未来ガジェット研究所」というサークルを設立し、毎日友人たちと風変わりな発明を続けている。 ある日、彼は偶然、電子メールを過去に送信できる装置を発明する。 つまり——“タイムマシン”が生まれたのだ。 SERN、ジョン・タイター、幻の骨董PC「IBN5100」、タイムマシン、 バタフライ効果、時間旅行の11の理論——これらの要素が偶然重なり合うとき、秋葉原に世界規模の大事件が巻き起こる！ “未来選択権”を委ねられた岡倫たちの下す決断とは？

前作のトゥルーエンドである「Blue Sky」エンディングの後の話であり、ファンディスクと言う位置づけであるが、内容は正統な続編である。前作と異なりトゥルーエンドといえる一つのエンディングは存在しない。 崩壊した渋谷で野呂瀬玄一の野望をノアIIと共に打ち破った拓巳が眠りについて1週間が過ぎた。一向に目覚める気配がない拓巳を見かねた梨深ら6人は、思い切った行動に出ることにした。 その頃、拓巳は夢の中でリアルが充実した生活を求めて脱オタクを目指していた。しかし気がつくと季節は夏になっており、渋谷は崩壊していなかった。そもそもいつ夏になったのか、拓巳の記憶からはその部分が抜け落ちていた。混乱する拓巳の前に梨深ら6人が現れ、「これは拓巳の心象世界で、抜け出すためには世界のどこかにいる星来オルジェルを殺さないといけない」と告げられる。 再会したギガロマニアックスの少女達は何故か全員が拓巳に強烈な好意を示し、ほぼハーレムのような状態。何をしても怒られないという願ったり叶ったりな状況に、リア充ライフ到来と喜ぶ拓巳。 このまま愛欲にまみれるか、真実を突き止めるかは、全て拓巳が決めることになる。

2009年11月6日。 渋谷区でM7.8の局地的な地震が発生。 渋谷駅周辺の市街地は壊滅状態となり、最終的な死者は3851人に達した。 そして、2015年。 物語は復興後の渋谷から始まる——