長く戦乱の続くエウロパ大陸。
東の大国デストナは圧倒的な軍事力で次々と他国を侵略しており、やがてその矛先は大陸西方の国々に向けられた。
中でも、彼らの開発した新型兵器“鬼震兵”の威力が猛威を振るっていた。
魔力を基礎に生み出された生体兵器である鬼震兵は、人間を取り込んで雪だるま式に強大化していき、しかも通常兵器は効果が薄い。
周囲の国が陥落していく中、次に狙われたのは小国フロイアだった。
数週間で降伏すると思われたフロイアだったが、頑強に抵抗し、遂にデストナ軍の進撃はある街の周辺で停止する。
デストナ軍を食い止めたのは、鬼震兵に対抗するために編成された国王直属の特務部隊、対鬼震兵調査駆逐チーム・秘匿名「第502独立混成中隊」、通称「鬼百合中隊」と呼ばれる部隊だった。
中隊は他の部隊とは異なり、魔力を利用して鬼震兵と戦っており中でも、「魔動装機」と呼ばれる、中隊が独自に開発した対鬼震兵装備を纏って戦う少女兵、ロゼ・リリエンタール軍曹の活躍はめざましかった。
彼女は「魔動装兵」と呼ばれ、その名は敵味方問わず鳴り響いてゆく。
中隊は大戦果を挙げ、鬼震兵を初めて撃退することに成功。
フロイア国防軍は、自分たちの管理下にない計画が大きな成果を上げたことを苦々しく思い、中隊を冷遇するも、現場の兵士達からは信頼を集めるようになり、やがて中隊は、鬼震兵によって窮地に追い込まれた部隊を救出する「火消し部隊」として戦場を駆け回るようになる。
主人公フランツはフロイア国防軍の一兵士。
彼の所属する部隊は鬼震兵に襲われるが鬼百合中隊によって救われ、フランツはそのまま中隊に編入される。
魔力工学の知識を持つ主人公は魔動装兵の補助兵員という役割を与えられ、それをきっかけにロゼ・リリエンタール軍曹と仲良くなっていく。
こうして鬼百合中隊は奮戦を続けるが、やがて鬼震兵達の様子に変化が訪れる。
デストナ軍は、鬼震兵にとって天敵となった魔動装兵に対する攻撃方法を変え始めた。
触手などを使用して魔動装兵を捕らえて、彼女たちの力の源である魔力を奪おうというのだ。魔力を奪う直接の方法は、鬼震兵によって魔動装兵の少女たちを犯すこと。
戦いに敗れれば、彼女たちには過酷な運命が待っている。
主人公フランツと鬼百合中隊は、厳しい戦場を戦い抜くことが出来るのか―