木南瑞希は、幼い頃から人には見えないものを見ることがあった。
たった一人の家族である母は、そのことを絶対に誰にも言わないよう彼女に言いつけ、彼女はそれを守って生活していた。
ある雨の夜、部屋の窓から外を眺めていると、傘も差さずに通りを歩く人の姿を見つけた。
その人は、三日前に亡くなったはずの母によく似ていた。
――雨の夜に、死んだ人が帰ってくる。
母の葬式で聞いた噂話。
まさかと思いつつも家を出て母の姿を追うと、そこに居たのは一人の妖の青年だった。
「お迎えにあがりました」
父方の祖父の家で働いているというその青年は、そう言って彼女の前に跪いた。
青年に導かれ、都会から遠く離れた田舎にある『雨月村』にやって来た彼女は、病で伏せっている祖父の代わりに、神や妖に関する問題を解決する『よろず妖屋』を任されることになり――。