物語の舞台となる汐碕市には天使に関する伝説が多く残っており、主人公の天野光人が通う聖天翔学園もまた、天使が創設したといわれていた。 天野光人は成績優秀でスポーツもそつなくこなす優等生だが、代わりばえのしない日常に退屈していた。そんな折、学園の掃除当番として閉鎖されている3階建てのB棟の清掃をすることとなる。しかし光人は、掃除をしながら本来ならあるはずのないB棟の４階に入り込んでいた。そこには「聖天翔学園秘密探偵社」という看板があり、中では一人の少女が読書に耽っていた。少女の名は神宮司雛子。これをきっかけに光人は数多くの不思議な現象に巻き込まれながら、汐碕市の天使伝説の秘密に迫ることとなる。