主人公（＝プレイヤー）は現代の日本に住む１７歳の少年・琥太郎。ある日、彼は渋谷で起きた超常現象に巻き込まれて気を失ってしまう。目覚めたとき、そこは日本の時代劇のような空間だった。
琥太郎は、そこが１９世紀の日本の首都・江戸の中にある吉原遊郭であり、自分が死んだうえに魂だけの存在となって、江戸時代にタイムスリップしたことを「神」に知らされるのだった。自分がこの時代に辿り着いた理由や成仏するための方法も判らず、琥太郎は『謎』を説く手掛かりを求めて吉原を彷徨い出す。
やがて彼は花魁の殺人事件に遭遇し、その殺人事件を解決するために「探偵」的な役回りをすることになるのだが、数々の猟奇殺人に遭遇することになるのだった.......。